Tots els residus biomèdics a autoclau s'han de col·locar primer en una bossa d'autoclau aprovada i etiquetada. Els objectes punxants com les agulles i els bisturís s'han de col·locar en un contenidor aprovat, etiquetat i amb talls abans de ser esterilitzats. No col·loqueu pipetes afilades ni vidres trencats a la bossa. Aquests residus s'han de col·locar en caixes o galledes i esterilitzar-los en autoclau o esterilitzats amb un esterilitzant líquid com l'hipoclorit de sodi al 10%. Els residus biomèdics que s'han d'esterilitzar en autoclau han de tenir un indicador que acrediti que els residus s'han esterilitzat a l'autoclau abans de poder ser eliminats. Moltes bosses d'autoclau vénen amb un indicador que diu "AUTOCLAVAT" quan s'ha completat el cicle d'esterilització. Els indicadors s'han d'aplicar a les caixes i barrils abans de ser autoclaus i col·locats al contenidor. Els residus potencialment infecciosos s'han d'etiquetar com a "risc biològic" i portar una etiqueta de perill biològica enganxada al contenidor. Quan s'esterilitzen materials no perillosos, com ara animals d'investigació essencials, medis de cultiu i equips de laboratori en un entorn estèril, n'hi ha prou amb contenidors sense marcar.
Abans de començar, aproximadament 50 ml – 100 ml d'aigua s'han de col·locar a la bossa de l'autoclau per facilitar la generació de vapor a la bossa. Si aquesta aigua està present de manera natural a la càrrega, no cal afegir aigua addicional. Les bosses d'autoclau s'han d'embolicar bé per evitar vessaments si es produeixen. Tanmateix, si la cinta s'embolica massa fort, la pressió del vapor es pot acumular dins de la bossa, fent que es trenqui. No doblegueu les bosses d'escombraries. Les bosses d'autoclau estan dissenyades per ser permeables al vapor, però una bossa doble evitarà el flux de vapor a través de la bossa. No ompliu excessivament la bossa o l'autoclau, ja que un flux de vapor deficient pot interferir amb el procés d'esterilització. El millor és no posar la bossa directament a l'autoclau. S'han de col·locar sobre safates d'acer inoxidable o polipropilè.
Quan s'autoclau líquids, no ompliu el recipient més del 75%. Això garantirà que el fluid tingui espai per expandir-se a mesura que s'escalfa. Perquè l'ús del vapor peresterilitzarels líquids poden ser problemàtics, el millor és utilitzar agents químics per esterilitzar els residus líquids si és possible. Si els investigadors decideixen utilitzar vapor per esterilitzar líquids, el recipient que conté el líquid ha de ser capaç de suportar les condicions d'autoclau. Es poden utilitzar recipients de vidre borosilicat o polipropilè. Assegureu-vos d'afluixar la tapa del recipient per augmentar la pressió durant el procés. Durant l'autoclau, col·loqueu sempre els envasos de vidre solts i líquids en recipients secundaris. Utilitzeu guants gruixuts i resistents a la calor, ulleres de seguretat i un davantal de goma quan traieu el líquid de l'autoclau. Per a càrregues líquides, el cicle de ventilació de l'autoclau s'ha de configurar molt lentament. Això fa que el líquid es refredi per sota dels 100 graus, de manera que no bulli a mesura que disminueix la pressió. Un cop finalitzada la carrera, obriu lentament la porta i feu marxa enrere fins que s'hagi purgat el vapor.
